Единственное каменное строение на территории Нового города было возведено в 1721 г. и предназначалось для управления обширными вотчинами монастыря, а позже использовалось как богадельня. В советское время именно здесь находился музей деревянного зодчества, куда свозили деревянные храмы и жилые дома из областных деревень. Самый знаменитый памятник. Спасо-Преображенская церковь XVII в., недавно сгорела; но рядом с монастырем пока еще стоит древнейшая церковь Собора Богородицы (1552).
Неподалеку от Ипатьевского монастыря сохранилась церковь Иоанна Богослова, бывший приходской храм Ипатьевской слободы, возведенный в 1681 -1687 гг. на средства местного населения и монастыря. Композиция церкви типична для того времени, ее обычно называют «корабль»: шатровая колокольня и пятиглавая церковь соединяются трапезной. Интересно, что если смотреть на храм издалека (например, с моста через Кострому) из пяти глав всегда видно только три -центральная и две боковые, что создает впечатление огромного креста, словно парящего над зданием. Храм строили на месте двух сгоревших деревянных церквей - Иоанна Богослова и Николая Чудотворца, поэтому на западной стене находится живошное изображение Николая Чудотворца, а на восточной, над апсидами - Иоанна Богослова. В 1735 г. церковь была расписана костромской артелью Федора Логинова, почти все ее фрески связаны с житием Девы Mapии. Кроме стенописи, сохранился также деревянный иконостас 1770-х гг.