Все реки относятся к бассейну Каспийского моря. Одни из них впадают в Кюр (Кура), другие в ее крупный приток Араз, третьи непосредственно в Каспийское море.
Река Кура (1364 км), самая большая в Закавказье, берет начало в Турции и впадает в Каспийское море. Длина Куры на территории Азербайджана 906 км. На ней построены плотины, ГЭС и водохранилища. Большинство рек пригодны для судоходства и используются для орошения. В горах Большого Кавказа берут начато тысячи больших и малых рек. многие из которых образуют водопады. В Азербайджане насчитывается 250 озер с пресной и соленой водой. Высокогорное (1576 м) озеро Гёй-Гёль (азерб. голубое озеро) образовалось после землетрясения в 1139 г. Тогда путь горной речке Ахсу преградили обвалившиеся каменные глыбы. Вода в озере пресная, прозрачная, голубого цвета.
Территория богата подземными водами, минеральными и термальными источниками (до 60 С).
Каспийское море, из-за своей величины и гидрологических особенностей, считается самым большим озером в мире. Море расположено вдоль меридиана с севера на юг в форме буквы S. Азербайджанская часть акватории охватывает среднюю и южную части.